妈阁庙位于妈阁山西面山腰上，主要由入口大门、牌坊、正殿、弘仁殿、观音殿及正觉禅林组成，各建筑规模虽然细小简陋，但却能充分融合自然，布局错落有致。
    入口大门为一牌楼式花岗石建筑，宽4.5米，只开有一个门洞，门楣有“妈祖阁”三字，两侧为对联，三部份均有琉璃瓦顶等装饰，其中门楣顶部更有飞檐状屋脊，脊上装有瓷制宝珠及鳌鱼，紧跟在大门之后为一三间四柱冲天式牌坊，亦由花岗石建造而成，并有四只石狮分置在柱头上。正殿为供奉天后的其中一个神殿，有神山第一殿之称，它和正门建筑、牌坊以致在半山腰上之弘仁殿在空间上成一直线。建筑主要由花岗石及砖头砌筑而成，其中花岗石作主导，无论柱、梁、部份墙身以至屋顶均由此材料修筑，两边墙体均开有大面积琉璃花砖方窗，而在较高位置的气窗，则为圆形。在石造之屋顶上又铺设琉璃瓦顶，并以夸张的飞担装饰正脊及垂脊，而其屋顶造型又分两部份，在朝拜区之屋顶以歇山卷棚顶形式出现，而神龛区上方之琉璃屋顶则为重檐庑殿式，飞檐纯朴有力。
    弘仁殿规模最小，只有3平方米左右，此建筑以山上岩石作后墙，再以花岗石作屋顶及两边墙身，殿内也供奉天后，两侧墙身内壁有天后之侍女及魔将浮雕，而天后神像则置于山石前，与正殿神龛区做法一样，在石屋顶上，此殿也加上绿色琉璃瓦及飞檐式屋脊装饰。位于最高处的观音殿，主要由砖石构筑而成，其建筑较为简朴，为硬山式做法。
    相对于其它神殿位于建筑群最前方且与正殿同在一平台上的正觉禅林不管在规模上或是在建筑形式上都较为讲究，建筑由供奉天后之神殿及静修区组成，静修区建筑为一般民房，属硬山式砖结构，而神殿则为一四架梁结构、主殿前有一内院，两侧侧廊为卷棚式屋顶、主殿区被二列各三枝柱分为三个开间，屋顶为琉璃瓦坡顶，两边侧墙顶部为金字形“镬耳”山墙，有防火意思，具浓烈的闽南特色，位于内院前之正立面，由左至右可分为五部份，中间最高两边渐低，墙身有泥塑装饰，墙顶则以琉璃瓦装饰，而在琉璃瓦檐下是三层象征斗拱之花饰，此外，中间部份尚开有一半径为1.1 米的圆形窗洞，而琉璃瓦顶上之飞檐及瓷制宝珠装饰，亦显示出此殿之重要性。
    “妈祖”在福建话里是“母亲”的意思。“妈祖”姓林名默，宋朝福建莆田人，自幼聪颖，得老道秘传法术，能通神，经常在海上搭救遇难船只，“升天”后仍屡次在海上显灵，救助遇难的人。人们感其恩德，尊为护航海神，历代王朝也多次封谥，明朝时晋封为“天后”。相传400多年前明代时有一福建商人在澳门附近遭遇飓风，危在旦夕，幸得“显灵海上消灾解难”的天后娘娘解难相救。后来这位商人在神女显圣处设庙纪念以谢神恩，被称为“娘妈角”。
    妈阁庙背山面海，沿崖而筑，周围古木参天；庙门口有一对石狮，雕工精美，形态逼真，传说是300年前清人的杰作；庙内花木错落，岩石纵横，景色清幽，由大殿、石殿、弘仁殿、观音阁4座建筑物组成，它们之间用石阶和曲径相通，曲径两旁的岩石上有历代名流政要或文人骚客题写的摩崖石刻；院内有一块名为“洋船石”的巨石，上刻一艘古代海船，船的桅杆上挂着一面写有“利涉大川”的幡旗，是人们喜爱的“一帆风顺”的图景。庙内的碑石上刻有妈阁庙500周年纪念文字。
    相传四百多年前，葡萄牙人登陆澳门，在庙门前面的海滩上岸。询问当地居民这里是什么地方，居民以为是问妈阁庙，故答“妈阁”，葡萄牙人以其音译而成“MACAU”，遂为澳门的葡文名称由来。
    妈阁庙平时香火不绝，每年农历除夕和农历三月二十三日“天后”神诞，香火更甚。四方香客云集于此上香拜祀、叩首祈福，并举行丰富多彩的节目助兴，这时妈阁庙上紫烟弥漫，一派祥和，这就是澳门八景之一的“妈阁紫烟”的景色。
    “妈祖”现在已不仅仅是善男信女们崇拜的“天后”，而且形成了一种国际文化现象——“妈祖文化”。